A la période de description et d'analyse des communautés marines benthiques a succédé, au cours des trente dernières années, parallèlement à l'industrialisation des pays riverains, une phase d'étude des perturbations subies par ces communautés sous l'effet d'actions anthropiques.

L'intérêt de la faune benthique comme indicateur et comme intégrateur des variations environnementales n'est plus à démontrer, qu'il s'agisse d'un simple taxon ou de l'ensemble de la communauté. Les travaux relatifs aux variations dues à des changements climatiques sont plus récents. La mise en évidence de telles variations suppose un laps de temps suffisant pour qu'un phénomène puisse être perçu et un échantillonnage régulier pour que des relations directes cycliques puissent être démontrées entre phénomènes climatiques et populations benthiques.

La communauté des vases terrigènes côtières établie au-dessous de 15 m de profondeur à l'intérieur et au large du golfe de Fos était à l'origine sous l'influence prépondérante de l'arrivée en mer des eaux rhodaniennes. Cette influence diminuait avec la profondeur et le ralentissement de la vitesse de sédimentation.

Quinze ans de travaux de dragages et de rejets en mer y ont entraîné de profonds changements. Sur l'emplacement des rejets eux-mêmes (30 à 60 m de profondeur), les modifications de la granulométrie du substrat ont permis l'installation temporaire d'une communauté inféodée aux petits substrats solides. Les changements ont affecté l'ensemble de la communauté entre 15 et 60 m de profondeur ; l'effet majeur est attribué à la charge de la colonne d'eau en particules en suspension pendant toute la durée des opérations ; il y eu destruction des faciès d'espèces suspensivores probablement par arrêt du recrutement et leur remplacement par des espèces dépositivores et prolifération d'espèces connues comme indicatrices d'instabilité dans d'autres peuplements de la région et même de l'océan mondial. Ces espèces se sont également installées en profondeur (au-dessous de 70 m) mais les actions climatiques y sont restées prépondérantes.

La synergie des actions climatiques et anthropiques a provoqué entre 15 et 60 m de profondeur l'altération de la communauté d'origine. Les deux méthodes d'analyse utilisées : méthode statistique classique (ACP) ou méthode dérivée de la phylogénie cladistique (analyse de parcimonie) se sont révélées complémentaires. Elles ont permis de mettre en évidence que le seuil d'altération est franchi plus précocement au plan quantitatif qu'au plan qualitatif.